Die Firma BIOBASE unterstützt Wissenschaftler bei der Lösung komplexer Fragestellungen aus den Bio- und Lebenswissenschaften. Mit der BIOBASE Knowledge Library (BKL) bietet BIOBASE Forschern eine umfassende Softwarelösung zur Datenanalyse. Die Plattform beinhaltet Datenbanken aus dem Proteomics- und Genomicsbereich, was den schnellen Abgleich der eigenen Ergebnisse mit bereits vorhandenen Daten erlaubt. Zusätzlich unterstützt die BKL mit umfassenden Hintergrundinformationen, die Fachexperten aus verschiedenen Bereichen hier eingebracht haben. Statt mit viel Energie in der Literatur zu vergleichen und zu recherchieren, können die eigenen Daten eingeordnet, interpretiert und Verknüpfungen zwischen den eigenen und bereits vorhandenen Forschungsergebnissen sichtbar gemacht werden. Ein gut strukturierter Aufbau und die einfache Bedienbarkeit der Datenbank erlauben einen schnellen Zugriff auf die benötigten Informationen.
Die BIOBASE – Knowledge Library unterstützt umfangreiche Datenanalysen
Die BIOBASE Knowledge Library (BKL) bietet zwei verschiedene Datenplattformen an. Das Proteome-Modul enthält eine breite Sammlung an Informationen und Datensätzen zu Proteinen sowie deren Funktionen aus verschiedenen Spezies, wie Maus, Hefe oder Mensch. Das TRANSFAC Suite -Modul richtet sich speziell an Molekularbiologen und umfasst eine breite Datensammlung zur eukaryotischen Genregulation.
Beide Module sind von der Oberfläche gleich aufgebaut. Mit der Suchfunktion BKL Search kann nach allgemeinen Themen oder bestimmten Keywords gesucht werden – im PROTEOME Module beispielsweise nach bestimmten Proteinen und deren Rolle im Stoffwechsel, im TRANSFAC-Modul nach der Rolle bestimmter Transkriptionsfaktoren in der Genregulation.
Mit den „BKL Tools“ können spezifische Fragestellungen bearbeitet werden, beispielsweise zu Funktion, Genregulation oder der Analyse von Genvarianten. Die verschiedenen Tools sind teilweise verlinkt und erlauben es damit, die Ergebnisse in einen größeren Zusammenhang zu bringen. Informationen zu bestimmten Datentypen sind wiederum in eigenen Reports zusammengefasst.
Im „my data“-Datenmanagementsystem können alle Daten, Suchergebnisse und durchgeführten Analysen zentral abgelegt werden. Zu allen Bereichen können nutzerspezifische Reports erstellt werden, die ebenfalls dort gespeichert werden können. Somit kann man zu einem späteren Zeitpunkt einfach darauf zurückgreifen.
Das Proteome – Modul
Dieses Modul ist für den Proteomics-Bereich ausgelegt und als generelles Tool gut für biologische sowie biochemische Fragestellungen nutzbar. Es enthält eine umfassende Sammlung an Datensätzen und Informationen zu Proteinen aus verschiedenen Spezies, unter anderem Mensch, Maus, Ratte, Hefe und Pflanzen, und deren Funktionen bzw. vermuteten Funktionen. So gibt es für Humanproteine zusätzliche Informationen und Verlinkungen zu Krankheiten bzw. umgekehrt kann über die Eingabe der Krankheit nach den daran beteiligten Proteinen und deren Funktion gesucht werden. Weiterhin sind Daten zu Stoffwechselwegen, Signalketten und den daran beteiligten Proteinen hinterlegt. Diese sind in Reports, die nach Themenbereichen geordnet sind, zusammengefasst. Der „Pathway/Chain“-Report enthält danach alle Daten und ausführliche Hintergrundinformationen zu Stoffwechselwegen und Signalketten. Über das bereits erwähnte Search-Tool kann nach Keywords oder in komplexeren Suchanfragen auch nach Clustern, die gemeinsame Charakteristika aufweisen, gesucht werden.
Das Proteome-Modul enthält außerdem verschiedene Analysetools. So können mit dem Network Analysis-Tool Gene bzw. die dazugehörigen Proteinen zu möglichen Proteinnetzwerken zugeordnet werden. Mit dem BioKnowledge Transfer (BKT) – Tool kann aus der Proteinsequenz auf Domainstrukturen und mögliche Funktionen unbekannter Proteine rückgeschlossen werden. Schließlich kann das BKL-Pathfinder – Tool, das in beiden Modulen enthalten ist, genutzt werden, um Verbindungen zu möglichen regulatorischen Stoffwechselwegen, Signalketten oder Proteinnetzwerken aufzudecken und zu analysieren. Die einzelnen Tools, Reports und Suchfunktionen sind untereinander verlinkt, so dass weitere Informationen angezeigt und dadurch Zusammenhänge und mögliche Verknüpfungen sichtbar werden.
Das TRANSFAC – Modul
Dieses Modul ist ein erstklassiges Werkzeug für alle Forscher, die auf dem Gebiet der eukaryotischen Genregulation arbeiten. In der Datenbank sind Informationen zu sämtlichen, bekannten Transkriptionsfaktoren, experimentell ermittelten Bindungssequenzen und den davon regulierten Genen enthalten sowie weitere Hintergründe z.B. Zusammenhänge mit Krankheiten, zusammengefasst. Die Daten stammen aus verschiedenen eukaryotischen Spezies wie Maus, Hefe oder Mensch. Neben den bereits erwähnten Search-Funktionen und dem BKL-Pathfinder-Tool enthält dieses Modul weitere Werkzeuge zur Analyse von genetischen Daten. Mit dem Match-Tool werden mögliche Binding-Sites für Transkriptionsfaktoren identifiziert. Das Matrix-Tool dient wiederum dazu, Nukleotidverteilungs-Matrizen für bestimmte Transkriptionsfaktoren zu erstellen oder gegen bekannte aus der TRANSFAC-Matrizenbibliothek zu vergleichen. Auch hier stehen Reports mit entsprechenden Erläuterungen zur Verfügung. Diese sind ebenfalls mit den einzelnen Tools und Search-Funktionen untereinander verknüpft und bieten damit die gleichen Analysemöglichkeiten wie im Proteome-Modul.
Zeit und Ressourcen sparen
Mit der umfassenden Datenbanksammlung von BIOBASE und den bereitgestellten Tools können die eigenen Daten sehr effizient untersucht werden, anstatt viel Zeit mit der Suche in verschiedenen Datenbanken und der Literaturrecherche zu verbrauchen.
Ganz generell kann mit Hilfe der Bioinformatik sehr viel Information aus einer einzigen Probe herausgeholt werden – ganz im Sinne einer effizienten und nachhaltigen Arbeitsweise. Denn in Laboren können heute bereits mit einer gut durchdachten Technik viele Ressourcen, wie Energie, Strom und Gas eingespart werden. Durch die Nutzung moderner Methoden, die ganz im Sinne einer „Green Analytics“ Ressourcenverbräuche verringern, indem sie z.B. möglichst viel Information aus einer einzigen Probe herausholen, wird dieser Ansatz unterstützt und verstärkt.
Schließlich – und auch das ist nicht zu unterschätzen – verbraucht jede Datenbankanfrage Strom. Gerade bei der Abfrage großer Datenmengen kann sich dies sehr schnell zu enormen Verbräuchen summieren. Im Sinne der Green-IT sollte daher jede unnötige Anfrage vermieden werden – selbst wenn der Strom aus erneuerbaren Quellen stammt oder sehr effizienz mit Gas im hauseigenen BHKW erzeugt wird.